《意見》提出，實施中醫傳統理論和診療技術創新工程。加強川派中醫傳統理論研究，深入推進“天回醫簡”等出土醫藥文獻與文物考古研究，理清中醫藥傳承創新發展脈絡；發掘、整理名老中醫傳統診療經驗，推動川派中醫名家臨床經驗與學術思想的數字化傳承。提升中醫防治重大疾病和傳染性疾病能力，建立中醫藥防治重大疾病的循證研究方法體系和臨床研究數據庫，研發具有中藥特色的臨床評價方法學體系和關鍵支撐技術，開展中醫藥參與重大突發公共衛生事件應急處置路徑和方法研究。推進川派中醫優勢病種診療手段創新發展，深入開展川派中醫優勢病種研究，傳承創新臨床精準診療方案；研究針灸經穴效應的生物學基礎和調控規律，開發以針灸為代表的非藥物療法的臨床研究范式。推動康復與治未病關鍵技術研究。
《意見》提出，實施中藥資源開發和產業發展創新工程。加強川產道地藥材種質資源創新利用，開展道地和特色藥材藥效物質基礎研究，加快川產道地藥材無公害標準化種植、林下種植、生態種植、野生撫育和仿野生栽培關鍵技術攻關。開展中藥飲片與配方顆粒關鍵技術攻關，發掘“川派炮制”原理，制定工藝規范，改進中藥飲片智能化關鍵技術設備；開展配方顆粒單味濃縮、藥效一致性評價和藥渣綜合利用轉化研究。加強創新中藥研發，開展傳統經典名方效用解析及配伍規律研究、中藥藥效活性成分作用效果和機制研究，遴選川產中成藥大品種和特色民族藥品種，開展二次開發研究。
《意見》明確，實施中醫藥科技能力創新工程。建設醫教研一體化中醫創新平臺，提升中醫臨床醫學研究規范性和技術轉化質量；構建產研用協同中藥創新平臺，推進西南特色中藥資源國家重點實驗室和國家中藥種質資源庫等基礎平臺建設。同時，引育中醫藥高水平創新人才，優化中醫藥創新環境，支持中醫藥科技創新成果轉移轉化平臺建設。
《意見》明確，實施中醫藥科技合作創新工程。推動川渝合作開展中醫優勢領域的中西醫結合診療方案研究，共同開展共有道地中藥材標準化種植和加工技術研究；落實四川與澳門、四川與香港中醫藥發展戰略合作協議科技創新重點任務，共建四川澳門中醫藥創新聯合實驗室等。加強中醫藥國際科技合作，通過“引進來”和“走出去”相結合，推動中醫藥參與國家戰略性科技創新合作與政府間國際科技創新合作。